Seiring ketegangan antara dunia sihir dan Kota Akademi terus meningkat, Touma Kamijou dan tangannya yang negasi harus berhadapan dengan si esper dan pesulap untuk melindungi kehidupan orang-orang di sekitarnya. Tentu saja, dia tidak sendirian dalam pertarungannya; apakah di sisinya atau di luar penglihatan, sekutu dan musuh lama dan baru akan memasuki keributan untuk membantunya.Toaru Majutsu no Index II melanjutkan kisah aksi dan komedi, karena skala pertempuran Touma dan tentaranya semakin bertambah besar. . Konflik perlahan menyeduh cakrawala, dan sihir dan sains akan melintasi jalan sekali lagi dalam perang yang akan datang.