Makoto Konno ada di tahun terakhir SMA-nya, namun mengalami kesulitan menentukan apa yang harus dilakukan dengan masa depannya. Di sela-sela tekanan abadi dari gurunya dan waktu membunuh dengan teman baiknya, kehidupan Makoto tiba-tiba berubah saat dia secara tidak sengaja menemukan bahwa dia mampu melompat secara harfiah sepanjang waktu.

Toki wo Kakeru Shoujo mengikuti Makoto saat dia bermain-main dengan kekuatan barunya. Namun, dia segera belajar dengan cara yang sulit bahwa setiap pilihan memiliki konsekuensi, dan waktu jauh lebih rumit daripada yang terlihat.